Tas Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tpicos da Apresentao O qu, Quando, Pra qu, Por qu ? O experimento Anlise dos Dados Projetos 1 - 2 -

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    07-Apr-2016

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  • Tas HerigMarcelo CarazzolleAna Deckmann

  • Tpicos da ApresentaoO qu, Quando, Pra qu, Por qu ?O experimentoAnlise dos DadosProjetos1 -2 -3 -4 -

  • Tpicos da ApresentaoO qu, Quando, Pra qu, Por qu ?O experimentoAnlise dos DadosProjetos1 -

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  • O qu, Quando, Pra qu, Por qu ?DNA-Microarray = GenechipMicroarray Tcnica Anos 90 Suporte slido para fixao ordenada

  • O qu, Quando, Pra qu, Por qu ?Padres de expresso gnicaIdentificao de funo de genesIdentificao de genes envolvidos com doenas

    Interao entre genesPra qu ?

  • O qu, Quando, Pra qu, Por qu ?Milhares de genes simultaneamenteEspao pequeno

    Por qu ?

  • Tpicos da ApresentaoO qu, Quando, Pra qu, Por qu ?O experimentoAnlise dos DadosProjetos1 -

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  • O experimentoParte 1Parte 2Parte 3- Fixao de genes Microarray- Hibridizao- Scanner

  • O experimentoParte 1: MicroarrayIsolar genes de interesseGerar inmeras cpiasFixao no microarray

  • O experimentoParte 2: HibridizaoClulas desejadasmRNAFormar cDNA marcado

    HibridizaoLimpeza

  • O experimentoParte 3: ScannerScannear o microarrayObteno de dados - Intensidades

  • Tpicos da ApresentaoO qu, Quando, Pra qu, Por qu ?O experimentoAnlise dos DadosProjetos1 -

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  • Anlise dos DadosComo eram tratados os dados ?Agora- Manualmente Muito tempo Muito esforo Pequenas mudanas Muito trabalho

  • Anlise dos Dados - Automatizar a anlise dos dadosDiferentes formatos

    GeneTAC (LGE) ScanArray (Ludwig) CodeLink NimbleGen (Futuro)Objetivo do Programa

  • Varivel de acordo com o formatoPossibilita a criao de diferentes projetos

    Caractersticas do ProgramaEstruturado por etapasLinguagens: cgi, R (anlise estatstica)Banco de dados: MySqlAnlise dos Dados - Portugus e Ingls

  • Banco de DadosAnlise dos Dados -

  • Estrutura do ProgramaSubmisso dos Arquivos da LminaSeleo de DadosNormalizaoAnlises EstatsticasDefinio de um ProjetoConfigurao da LminaLGE e LudwigCodeLinkAnlise dos Dados -

  • Criar / Selecionar um projetoDefinir o padro

    Estrutura do Programa: Definio do Projeto Nmero de Placas funcionaisAnlise dos Dados -

  • Estrutura do Programa: Definio do ProjetoAnlise dos Dados -

  • LGE e LudwigAdequar a configurao

    Estrutura do Programa: Configurao da Lmina96Placa FuncionalPlaca ArrayMicroarray1-12A|H9696963841 - 16A

    |

    P1 - 4A

    |

    HAnlise dos Dados -32 grids

  • Estrutura do Programa: Configurao da LminaAnlise dos Dados -

  • Submisso dos arquivosDefinio dos grupos

    Estrutura do Programa: Arquivos da LminaDefinio dos canaisAnlise dos Dados -

  • Estrutura do Programa: Arquivos da LminaAnlise dos Dados -

  • Excluso de spots indesejados

    Estrutura do Programa: Seleo dos Dados Diferentes formas de exibir os dados Diferentes filtros ImagensAnlise dos Dados -

  • Estrutura do Programa: Seleo dos DadosAnlise dos Dados -

  • Mtodos diferentes

    Estrutura do Programa: NormalizaoOpesVisualizaoAnlise dos Dados -

  • Estrutura do Programa: NormalizaoAnlise dos Dados -

  • Estrutura do Programa: Anlises estatsticasAnlise dos Dados - Fold ChangePvalue

  • Estrutura do Programa: Anlises estatsticasAnlise dos Dados -

  • Grficos: LminaAnlise dos Dados -(Fonte: Leandra Scarpari)Grid

  • Grficos: M vs A plotAnlise dos Dados -M = log2(R/G)A = log2(RG)(Fonte: Leandra Scarpari)

  • Grficos: M vs A plotAnlise dos Dados -(Fonte: Ana Deckmann)

  • Grficos: DensityAnlise dos Dados -(Fonte: Leandra Scarpari)

  • Grficos: BoxplotAnlise dos Dados -Outliers: diferencialmente expressos(Fonte: Leandra Scarpari)

  • Grficos: Plot lam1 vs lam2Anlise dos Dados -Comparao entre duas lminas(Fonte: Leandra Scarpari)

  • Grficos: VolcanoPlotAnlise dos Dados -Fold Change: Escala de comparao entre as razesPvalue: Reproduo dos dados(Quanto maior o mdulo, mais diferencialmente expresso)(Quanto menor, mais esto se reproduzindo os dados)(Fonte: Leandra Scarpari, Ana Deckmann)

  • Grficos: ClusteringAnlise dos Dados -Busca de padres(Fonte: Ana Deckmann)

  • Tpicos da ApresentaoO qu, Quando, Pra qu, Por qu ?O experimentoAnlise dos DadosProjetos1 -

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  • ProjetosImplementao no LGEPublicao

    Implementao para o NimbleGen

  • ... (um pouquinho sobre o NimbleGen)

  • NimbleGen

    Microarray de alta densidade Mais de 380.000 oligos / array 6 20 probes / geneMais de 38.000 genesTamanho do probe: 24 70 mer

  • NimbleGenMAS Maskless photolithographic process

  • NimbleGen

    Procedimento Seleo / Montagem do Array Envio de cDNA / mRNA Experimento (NimbleGen)RNA $760cDNA $665+ $1900(

  • NimbleGen

    Resultados Dados brutos Dados normalizados Imagens do Array (Dados brutos)(Fonte: http://www.nimblegen.com)

  • Fim