Aplicaes da Informtica na Pesquisa em Sade Prof.Dr. Renato M.E. Sabbatini Faculdade de Cincias Mdicas Disciplina de Informtica Mdica e Bioestatstica.

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    07-Apr-2016

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  • Aplicaes da Informtica na Pesquisa em SadeProf.Dr. Renato M.E. SabbatiniFaculdade de Cincias MdicasDisciplina de Informtica Mdica e Bioestatstica

  • Papel da Pesquisa no Processo Mdico

  • Objetivos da Pesquisa ClnicaAdicionar e integrar novos conhecimentos cincia mdica (doenas, suas manifestaes, prevalncia e diagnstico, novas formas teraputicas, etc.)Utilizar mtodos cientficos de controle e anlise rigorosos e objetivos, para assegurar a validade dos resultadosDerivar resultados que tenham aplicabilidade prtica na preveno, diagnstico e terapia de doenasRespeitar as limitaes impostas pela tica da experimentao com seres humanos

  • Categorias de Pesquisa ClnicaEstudos prospectivos As condies experimentais, tamanho da amostra, grupos, parmetros, critrios, protocolos, testes, etc. so definidos antes de coletar os dados. Os pacientes so adicionados ao estudo segundo o protocolo e os critrios de excluso e incluso, medida que chegam.Estudos retrospectivos J existem dados sobre pacientes atendidos e eles so includos ao estudo segundo critrios e definio de parmetros, atravs da reviso e recodificao de pronturios

  • Procedimentos da Pesquisa ClnicaEnsaio clnico aleatorizado (RCT) Um tipo de experimento prospectivo, em que os pacientes so alocados aleatoriamente a grupos alternados e tratados de acordo com um protoco de estudoEstudos cegos e duplo-cegos Nem o paciente (estudo cego) e nem o paciente e o pesquisador (estudo duplo-cego) sabem quais so os grupos a que foram alocadosVis um erro sistemtico introduzido por fatores diferentes do efeito experimental. Exemplos: vis de seleo, vis de amostragem, vis experimental.

  • O Ciclo ExperimentalFormularproblemaGerarHipteseObservarExperimentarAvaliarresultados edisseminarTestarhipteseDesenvolvermodelo

  • O Ciclo ExperimentalFormularproblemaGerarHipteseObservarExperimentarAvaliarresultados edisseminarTestarhipteseDesenvolvermodelo

  • Usos do Informtica na PesquisaElaborao e gerenciamento de projetosGerenciamento de recursos materiais, humanos e financeiros de projetosPesquisa bibliogrfica, acesso informaoColeta de dados sobre os sujeitos da pesquisaControle de equipamentos de laboratrio e aquisio de dados e imagensAnlise estatstica e numrica de dadosDescoberta automticaFerramentas de apoio publicao, ilustrao, apresentao em congressos e intercomunicao

  • Usos da Informtica na PesquisaElaborao e gerenciamento de projetosGerenciamento de recursos materiais, humanos e financeiros de projetosPesquisa bibliogrfica, acesso informaoColeta de dados sobre os sujeitos da pesquisaControle de equipamentos de laboratrio e aquisio de dados e imagensAnlise estatstica e numrica de dadosDescoberta automticaFerramentas de apoio publicao, ilustrao, apresentao em congressos e intercomunicao

  • Computador nas Fases da PesquisaPlanejamento do estudoProjeto do instrumento de coleta de dadosColeta de dadosVerificao da qualidade dos dadosTranscrio dos dados para o computadorVerificao da consistncia dos dadosAnlise dos dados

  • O Banco de Dados ClnicosModalidade 1: Banco de dados coletado no dia a dia da instituio (pronturio eletrnico, cadastro do paciente, etc.)De longo prazoGeralmente inadequado para fins de pesquisa clnica, serve apenas para localizar categorias de pacientes, identific-los e recrut-losModalidade 2: Banco de dados especfico para uma pesquisaContm campos e metodologias de coleta modeladas para uma pesquisa ou grupo de pesquisasDe prazo menos longo que o anterior

  • Objetivos do IAIMSIntegrated Academic and Medical Information Systemsadquirir informao:clnica e laboratorialbibliogrficaadministrativacompartilhar informaoassistnciaeducaopesquisausar informao (ferramentas)passivas (anlise estatstica)ativas (sistemas de apoio deciso)

  • IAIMS na Pesquisa Clnicaentrar dados clnicos de pacientestriar e selecionar pacientes para estudosrecuperar dados sobre pacientesanalisar dadoscomunicar dados

    The goal of IAIMS is to let any user get whatever he wants, wherever he wants, whenever he wants, within the limits of security and privacy

  • Descrio de Eventos ClnicosVariveis de identificao Paciente, visita, parmetro, tempo.Variveis primrias Descritoras da interveno, dos resultados (variveis independentes e dependentes).Variveis confundentes Registro dos fatores que podem influenciar os resultados experimentais, e que podem servir para estratificar o estudo.

  • Exemplos de VariveisObjetivo: investigar o efeito de uma nova droga anti-hipertensivaVariveis identificadoras nome, registro, visita pr-tratamento, visitas ps-tratamento, etc.Varivel primria independente dosagem e via da droga, placebo, etc.Varivel primria dependente Presso arterial sistlica e diastlica, FC, etc.Variveis confundentes Idade, sexo, patologia, grupo socio-econmico, etc.

  • Pesquisas MulticntricasImportantes para: aumentar nmero de casos, englobar maior variabilidade, generalizar experinciaProtocolo definido em comum (campos, parmetros critrios de incluso/excluso, etc.)Ferramentas de captura descentralizadasBanco de dados centralizadoRedistribuio dos resultados, publicao comumUso da Internet para intercomunicaoUso do computador para gerenciamento do projeto

  • Histria de Sistemas de Apoio Pesquisa ClnicaBMD (Dixon, Univ. California)MEDLOG System/Time Oriented DatabaseAmerican Rheumatism Association Medical Information System (ARAMIS)PROPHET (Bolt Beranek & Newman)CLINFO+ (Rand Corporation)SPSSEPI-INFO (CDC/WHO)

  • Fases da PesquisaPlanejamento do estudoProjeto do instrumento de coleta de dadosEPEDColeta de dadosVerificao da qualidade dos dadosTranscrio dos dados para o computadorENTERVerificao da consistncia dos dadosCHECKAnlise dos dados ANALYSIS

  • Pesquisando Informao Mdica na InternetA Internet e a Web so extremamente dinmicas, crescem continuamente, e os recursos esto localizados de forma distribuda (milhes de servidores)Essa biblioteca desorganizada, no entanto, pode ser totalmente indexada, graas tecnologia, e qualquer palavra de qualquer documento podem ser localizados em poucos segundosVerdadeira revoluo na disseminao e organizao do conhecimento humano

  • Como Procurar Informao na Internetndices Contm listas de todas as palavras existentes em documentos na Web, e onde elas ocorrem (URLs). Permite a busca por combinaes de palavras-chave. Operao automtica.Catlogos Contm listas de sites e home-pages da Web, categorizadas por assuntos e sub-assuntos. Operao semi-automtica (necessrio submeter).Bases de Dados Contm listas de referncias bibliogrficas pesquisveis por palavras-chave e outros campos, geralmente podem ser acessadas pela Internet

  • ndices: Mecanismo de Busca um software que opera atravs da Web, baseado em um grande ndiceO ndice construido por softwares automticos (robs ou spiders) que varrem continuamente a Internet, buscando pginas e recuperando todas as palavras, imagens, etc.O usurio pode especificar palavras para realizar a busca. O software do mecanismo investiga a ocorrncia das palavras-chave no ndice, combina os resultados e devolve uma lista de URLs para o usurioImprescindveis para achar informao na Internet.

  • Mecanismo de Busca - Ordenao A ordenao dos resultados de uma busca obedece a critrios de relevncia:argumento encontrado no TITLE da pginaproximidade entre os argumentos no textonmero de ocorrncias dos argumentos de pesquisaargumentos em negrito ou em fonte maiorpopularidade da pgina (nmero de links que apontam para ela)

  • Tipo de Mecanismos ndices Genricos AltaVista (http://www.altavista.com ) Excite (http://www.excite.com ) FAST (http://www.alltheweb.com ) Google (http://www.google.com ) HotBot (http://www.hotbot.com ) Infoseek (http://infoseek.go.com ) Northern Light (http://www.northernlight.com ) Radar UOL (http://www.radaruol.com.br) Radix (http://www.radix.com.br)

  • Tipo de Mecanismos ndices Especializados Os ndices especializados no se preocupam em indexar toda a Web (focam sua busca dentro de um assunto definido, uma rea geogrfica ou tipo de recurso). Os ndices especializados so, na maioria das vezes, mais eficientes do que os mecanismos tradicionais

  • Mecanismos de Busca Especializados em MedicinaMedical World Search http://www.mwsearch.comMedHunt http://www.hon.chMedScopio (Brasil) http://www.medscopio.com.brDoctor Miner (Brasil) http://www.miner.uol.com.br

  • Estratgia de Busca por Palavras-Chave Formule uma questo e seu escopo. Ex: quais so os tratamentos usados para demncia associada AIDS? Identifique os conceitos importantes dentro da questo (palavras chave). Ex: AIDS, tratamento, demncia Considere possveis sinnimos e variaes das palavras chaves. Ex: SIDA, terapia, etc.

  • Pesquisa Booleana Usa as palavras AND, OR, NOT (operadores booleanos) para expandir e limitar as buscasUsa lgica matemtica desenvolvida por George Boole no sculo XIX Permite combinar os termos de pesquisa. Mais teis em buscas complexasObtm resultados mais especficos

  • Pesquisa Booleana AND: combina palavras e/ou frases, buscando pginas apenas onde aparecem TODAS as palavras no mesmo textoSintaxe: AIDS AND demnciaOR: combina palavras e/ou frases, buscando textos que tenham PELO MENOS uma das combinaes.Sintaxe 1: AIDS OR HIVNOT: exclue palavras e/ou frases dos resultados da pesquisa.Sintaxe 1: demncia NOT Alzheimer

  • Pesquisa Booleana - Proximidade NEAR, ADJ, FOLLOWED BY - alguns sites permitem que voc encontre pginas com as palavras de busca prximas uma da outra por um nmero x de palavras (evita-se encontrar documentos em que estas palavras aparecem sem ligao entre elas).

    Ex: toxicidade NEAR renal

  • Pesquisa Booleana: Uso de ParntesesOs operadores lgicos AND, OR, NOT, NEAR, etc., podem ser combinados usando parntesesA ordem de precedncia : NOT, AND/NEAR, ORExemplos:(AIDS or SIDA) and (treatment or therapy) AND NOT AZTCognitive near (disturbance or alteration or change)Renato Sabbatini AND (intelig* or cognit*)

  • Outras Estratgias de Busca (1)Adio + antes de uma palavra chave ou frase obriga que ela apareca entre os resultados relevantes. Ex: +AIDS +AZT tratamentoSubtrao - elimina dos resultados as pginas que contm a palavra chave ou frase. Ex: +AIDS AZT tratamentoFrase exata (entre aspas): Ex.: Adib JatenePrefixos: * pesquisa todas as palavras chave com a raiz antes do asterisco. Ex.: abdom*

  • Tipo de Mecanismos - MetaBuscadoresNo possuem ndices prpriosSubmetem as perguntas formuladas a vrios indexadores da Web, coletam os resultados obtidos, fazem uma formatao, eliminando resultados duplicados e geram uma listagem final. Adotam um mnimo denominador comum na forma como as pesquisas so submetidas.

  • Tipo de Mecanismos - MetaBuscadoresProfusion: http://www.profusion.comMetaCrawler: http://www.metacrawler.comBrasil : MetaMiner ( http://www.miner.com.br )Programas em seu computador que realizem metabuscas (gratuitos). Ex: Copernic99 - http://www.copernic.com, WebFerret (http://www.webferret.com)

  • Catlogos ou DiretriosFuncionam de forma diferente dos ndices. Organizados hierarquicamente por assuntosA busca e organizao das informaes feita por seres humanos e somente a home page de um site indexadaPossuem um mecanismo de busca interno por palavras-chavePodem ser genricos ou especializados

  • Exemplos de Catlogos GenricosYahoo ( http://www.yahoo.com)Google ( http://www.google.com)LookSmart ( http://www.looksmart.com)Open Directory (http://www.dmoz.org)Brasil: Cad ( http://www.cade.com.br)Yahoo Brasil: http://www.yahoo.com.br)Achei! (http://www.achei.com.br)IVOX ( http://www.ivox.com.br )

  • Catlogos Especializados em MedicinaMedical Matrix: http://www.medmatrix.orgMedWeb Plus: http://www.medwebplus.comAchoo! http://www.achoo.comHealthAtoZ: http://www.healthatoz.comCliniWeb: http://www.cliniweb.comMedline Plus: http://www.medlineplus.govCatlogos de especialidades ou reas especficas de medicina e sade. Metacatlogo: Harding MetaIndex http://www.lib.uiowa.edu/hardin/md

  • Usos, Vantagens e Desvantagens: ndicesSo bons para pesquisas muito especficas, com vrias palavras-chave e assuntos bem definidos Geralmente retornam nmero grande de URLsMuito poderosos, mas no discriminam qualidade Critrios de relevncia pouco inteligentes, facilmente enganadosPegam todas as pginas de um sitePodem ser usados para buscar outros tipos de arquivosSo atualizados com maior rapidez

  • Usos, Vantagens e Desvantagens:CatlogosSo bons para achar sites maiores ou mais genricos, dentro de um contextoGeralmente tem resultados mais restritos, mas deixam de fora muitos URLs relevantesCritrios de relevncia ausentes ou determinados por seres humanosPegam somente a pgina principal do siteAtualizao menos freqente

  • Outros Recursos de Busca (2)TITLE - pesquisar por ttulo do documento Ex: TITLE:American Heart AssociationHOST - traz pginas indexadas de um site. Ex: HOST:www.pfizer.com.brURL - traz pginas que contm este parmetro no texto de sua URL. Ex: URL:microsoftLINK - identifica todas as pginas que possuem um link definido para o parmetro. Ex: LINK: http://www.unicamp.br

  • Outros Recursos de Busca (3)Pesquisando dentro dos resultados (search within): os mecanismos permitem que voc faa uma pesquisa mais detalhada utilizando somente os resultados obtidos na primeira pesquisa;Pginas similares: realiza nova busca com as palavras-chave de um documento obtido em uma busca anteriorOutras pginas no mesmo siteLimitao: por data, idioma, regio do mundo, domnio (COM, BR, etc.)

  • Outros Recursos de Busca (4) Linguagem Natural: pode-se fazer consultas utilizando frases ou perguntas em linguagem natural, ou seja, como se estivesse perguntando a outra pessoa. Altavista, AskJeeves, GoogleEx: Why women crave chocolate ?Ex: Where can I find pathology images?Ex: When the microscope was discovered?Ex: What are the foods with high fiber content?Ex: What is the best soccer team?

  • Tipos de Fontes BibliogrficasFontes primrias Contm trabalhos originais com conhecimento original e publicado pela primeira vez pelos autoresFontes secundrias Contm trabalhos no originais e que basicamente citam, revisam e interpretam trabalhos originais Fontes tercirias Contm ndices categorizados de trabalhos primrios e secundrios, com ou sem resumo

  • Bases de Dados BibliogrficasPara Acesso IndividualEm CD-ROM ou disquetePara Redes On-Line DedicadasFitas magnticas ou CD-ROMsEm Redes Pblicas (Internet e outras)Acesso gratuitoAcesso pago

  • Alguns Endereos na InternetMEDLINE PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMedBioMedNet http://www.biomednet.comBIREME http://www.bireme.br

  • Estratgias de PesquisaUsando palavras livres do texto do autorVantagens: facilidade e rapidez de usoDesvantagens: perda de trabalhos devido sinonmia, etc.Usando palavras de vocabulrio padronizado (tesauro): MeSHVantagens: evita sinonmia, conceitos hierarquizadosDesvantagens: mais trabalhoso e demorado, problemas com vocbulos ainda no padronizados

  • Estratgias de PesquisaUso de palavras-chave (descritores)Uso de modificadores (categorias, como diagnstico, terapia, prognstico, complicaes, etc.)Uso de limitadores (data e tipo de publicao, idioma, tipo de trabalho, etc.)Busca por autores, instituies e geografiaBusca por ttulo de revistaBuscas avanadas (por campo, combinaes variadas, etc.)

  • Funes do Site de PesquisaComo selecionar e visualizar refernciasComo armazenar temporariamente referncias achadasComo lembrar pesquisas j feitasComo fazer e refinar uma pesquisa interativaComo gravar e imprimirComo exportar as referncias para um software de fichamentoComo acessar verses on-line do texto completoComo solicitar cpias pela Internet

  • Etapas de uma Pesquisa BibliogrficaDeterminao de um ponto de partidaLevantamento e fichamento das citaes relevantesAprofundamento e expanso da busca. Uso de publicaes terciriasSeleo das fontes a serem obtidasLocalizao das fontes e obtenoLeitura, sumarizao e redao

  • Ficha BibliogrficaAutoresTtuloFonte (revista, livro, anais, etc.), com dados completos de referncia (volume, ano, pginas, etc.)Palavras-chaveOutros dados: tipo de publicao, idioma, autoria do resumo, UID (nmero de identificao na base de dados), etc.Resumo e comentriosIdentificao de localizao do original (separata, biblioteca, estante, URL, etc.)

  • Formato de um RegistroMEDLINEUI - 98107969AU - Banks WAAU - Akerstrom VAU - Kastin AJTI - Adsorptive endocytosis mediates the passage of HIV-1 across the blood- brain barrier: evidence for a post-internalization coreceptor.LA - EngMH - Cytoskeleton/metabolismMH - Endocytosis/*physiologyMH - HIV Envelope Protein gp120/*metabolismMH - HIV-1/*metabolismPT - JOURNAL ARTICLECY - ENGLANDAB - HIV-1 induces the AIDS dementia complex and infects brain endothelial and glial cells. Because the endothelial cells comprising the blood- brain barrier (BBB) do not possess CD4 receptors or galactosylceramide binding sites, it is unclear how HIV-1 negotiates the BBB. []AD - Veterans Affairs Medical Center and Tulane University School of Medicine, New Orleans, LA 70146, USA. bbbpts@mailhost.tcs.tulane.eduSO - J Cell Sci 1998 Feb;111 ( Pt 4):533-40

  • Softwares de Fichamento Softwares de gerenciamento bibliogrfico

    Especficos para a tarefaDisponveis como shareware e software comercialFormato fixo, campos controladosFcil digitao, mas tem que aprender a utilizarImporta automaticamente bancos bibliogrficosSofisticadas funes de classificao e pesquisa, obteno de relatrios e listas de citaesRealiza pesquisas lgicasAlguns softwares no permitem anotaesConcluso: melhor soluo possvel

  • Etapas da Pesquisa BibliogrficaAprofundamento e RefinamentoDeterminar as palavras-chave, autores e instituies mais relevantesMontar estratgia bem-pensada de buscaUtilizao de bases de dados bibliogrficosUtilizar funo See Related Comear do mais geral e ir ao particularComear do ano mais recente e retrocederExaminar listas de citaes

  • Etapas da Pesquisa BibliogrficaLocalizao e ObtenoFormas de obteno:Artigo em texto completo on-lineRevista/livro disponvel em bibliotecaEmprstimo inter-bibliotecasSeparata com colega ou orientadorSolicitar separata ao autorPedido on-lineAnalisar tempo vs. custoLeitura do resumo vs. texto original

  • Endereos de Projetos de Publicao On-LineHighwire Presshttp://highwire.stanford.eduBioline http://www.bdt.org.br/biolineE*pubhttp://www.epub.org.brSciELOhttp://www.scielo.brPLOShttp://www.plos.orgPubMedCentralhttp://pubmedcentral.org

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